พ.ศ. ๒๕๑๑ คณะสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ได้จัดประชุมพระเถระระดับเจ้าคณะจังหวัดทั้ง ๑๕ จังหวัด ในสมัยนั้นขึ้นที่วัดกลาง จังหวัดสุรินทร์ พระราชปรีชาญาณมุนี เจ้าอาวาสวัดศรีษะเกษ เจ้าคณะจังหวัดหนองคาย (ปัจจุบัน พระธรรมปริยัตมุนี เจ้าอาวาสวัดพนมวรมหาวิหาร อำเภอธาตุพนม จังหวัดนครพนม) ได้เสนอที่ประชุมว่า เห็นควรมีวิทยาลัยสงฆ์ประจำภาค ที่ประชุมเห็นชอบและรับหลักการ แต่จะตั้งขึ้น ณ จังหวัดใดให้นำเข้าพิจารณาในการประชุมครั้งต่อไปที่จังหวัดหนองคาย
พ.ศ. ๒๕๑๓ ศูนย์ประสานงานพระพุทธศาสนาภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ศ.ป.ศ.) ที่จัดตั้งก่อนหน้านี้แล้ว ได้จัดประชุมสังฆนิบาต พระเถระระดับ ขึ้นที่วัดศรีษะเกษ อำเภอเมืองหนองคาย จังหวัดหนองคาย เจ้าคณะจังหวัดหนองคาย ได้มอบหมายให้พระมหาประทัย วชิรปญฺโญ (ปัจจุบันพระสุนทรธรรมธาดา รองเจ้าคณะจังหวัดหนองคาย) เสนอต่อที่ประชุม และที่ประชุมมีมติให้ให้จัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ว.ส.อ.) ขึ้นที่วัดศรีษะเกษ อำเภอเมือง จังหวัดหนองคาย
พ.ศ. ๒๕๑๔ ฯพณฯ จอมพลถนอม กิตติขจร นายกรัฐมนตรี เป็นประธานวางศิลาฤกษ์อาคารวิทยาลัยสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ โดยมีคณะเจ้าคณะจังหวัดทุกจังหวัดในภาคตะวันออกเฉียงเหนือให้การอุปถัมภ์ พ.ศ. ๒๕๑๕ ฯพณฯ เอนทรี พิชเยนทรโยธิน เอกอัครราชทูตไทยประจำประเทศลาวสมัยนั้น เป็นประธานมูลนิธิ และได้จัดตั้งมูลนิธิขึ้นเพื่อการศึกษาของคณะสงฆ์ โดยได้มอบหมายให้อาจารย์เกษม บุญศรี อดีตประธานสภาผู้แทนราษฎร เป็นผู้ยกร่างตราสารมูลนิธิ พ.ศ. ๒๕๒๑ คณะผู้บริหารวิทยาลัยสงฆ์ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ว.ส.อ.) เสนอเรื่องการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา ไปยังมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ในสมัยนั้น เพื่อขอขึ้นเป็นวิทยาเขต สภามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ อนุมัติให้เป็นวิทยาเขตแห่งแรก ของ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และได้ดำเนินการเปิดสอนคณะครุศาสตร์วิชาเอกการบริหารการศึกษา ครั้งแรกและได้ขยายสาขาวิชาเพิ่มขึ้นตามลำดับ – สภาพปัจจุบัน ปัญหาและอุปสรรคในการดำเนินงาน มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ตั้งอยู่ ณ วัดมหาธาตุ เขตพระนคร กรุงเทพฯ รหัสไปรษณีย์ ๑๐๒๐๐ ได้ขยายวิทยาเขตและวิทยาลัยสงฆ์ ออกไปตามภูมิภาคต่าง ๆ ทั่วประเทศ รวม ๑๔ แห่ง วิทยาเขตหนองคาย จึงเป็นวิทยาเขตที่จัดตั้งขึ้นเป็นแห่งแรก พ.ศ. ๒๕๔๐ รัฐสภาได้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พุทธศักราช ๒๕๔๐ ให้มหาวิทยาลัยมีฐานะเป็นนิติบุคคลและเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ โดยวิทยาเขตหนองคายได้ทำการเปิดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี และระดับประกาศนียบัตร ดังนี้๑. ระดับปริญญาตรี หลักสูตรหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต (พธ.บ.)๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา คณะพุทธศาสตร์๒) สาขาวิชาสังคมศึกษา คณะครุศาสตร์๓) สาขาวิชาภาษาอังกฤษ คณะมนุษยศาสตร์
๔) สาขาวิชารัฐศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์๒. หลักสูตรการบริหารกิจการคณะสงฆ์ (ป.บส.)
พ.ศ. ๒๕๕๕-ปัจจุบัน มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตหนองคาย ได้ขยายการจัดการศึกษาเพิ่มเติม โดยเปิดทำการเรียนการสอนในระดับปริญญาโท ปริญญาตรี และประกาศนียบัตร ดังนี้๑. ระดับปริญญาโท หลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต (พธ.ม.)๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา คณะพุทธศาสตร์
๒. ระดับปริญญาตรี หลักสูตรหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต (พธ.บ.)๑) สาขาวิชาพระพุทธศาสนา คณะพุทธศาสตร์
๒) สาขาวิชาสังคมศึกษา คณะครุศาสตร์
๓) สาขาวิชาภาษาอังกฤษ คณะมนุษยศาสตร์
๔) สาขาวิชารัฐศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์
๓. ระดับประกาศนียบัตร๑) หลักสูตรการบริหารกิจการคณะสงฆ์ (ป.บส.)
๒) หลักสูตรการสอนศีลธรรมในโรงเรียน (ป.สศ.)
๓) หลักสูตรประกาศนียบัตรพุทธเกษตร (ป.พก.)